ต้นทุนการบริหารคลังสินค้าและสินค้าคงคลัง ประกอบไปด้วย 2 ประเภทด้วยกัน ได้แก่ ต้นทุนการบริหารคลังสินค้า (Warehousing cost) เกิดจากการดำเนินกิจกรรมการให้บริการภายในคลังสินค้า การจัดเก็บสินค้า การเลือกสถานที่ตั้งโรงงานและคลังสินค้า

ซึ่งมีลักษณะเดียวกับต้นทุนการขนส่งที่ผู้ประกอบการสามารถดำเนินงานเองที่เรียกว่า In-house และการจ้างให้ผู้อื่นๆ ดำเนินการให้หรือเช่าที่ผู้อื่น ที่เรียกว่า Outsource และ ต้นทุนในการถือครองสินค้า (Inventory carrying cost) คือต้นทุนในการถือครองสินค้าหรือค่าเสียโอกาสที่เงินทุนไปจมอยู่ในสินค้า รวมถึงต้นทุนค่าดอกเบี้ย ค่าประกันสินค้า